Hi ha molts mètodes d'extracció utilitzats habitualment per a la medicina xinesa. L'extracció de la medicina xinesa amb diferents components químics ha de triar el mètode adequat. Els mètodes d'extracció habituals inclouen: extracció d'aigua, extracció de dissolvents orgànics, extracció de dissolvents orgànics àcids o alcalins, destil·lació de vapor, hidròlisi enzimàtica o inhibició de la hidròlisi enzimàtica, tractament químic, extracció per sublimació, extracció supercrítica, extracció ultrasònica, extracció assistida per microones.
La majoria de l'extracció de la medicina xinesa utilitza processos d'extracció com l'extracció per agitació o l'extracció dinàmica de la circulació de la bomba, perquè l'agitació i l'extracció de dissolvents fluids poden millorar l'efecte d'extracció i la velocitat d'extracció. A causa de l'augment de la diferència de concentració i la pressió a l'extrem interior del capil·lar del material medicinal és més gran que la pressió a l'extrem exterior, l'extracte dins del material medicinal flueix contínuament a través del capil·lar cap al dissolvent.